En 1855, en la creciente ciudad industrial de Lille, Pasteur,
entonces un joven profesor de química, entró en contacto por vez primera con la
actividad de los fermentos vivos. La cerveza y el vinagre, que generalmente son
buenos, a veces, inexplicablemente, no lo son, y Pasteur, al no encontrar
explicación química para ese fenómeno, los examinó por medio del microscopio.
Así descubrió que cuando la fermentación es normal se observan las pequeñas
células redondas de la levadura ya estudiadas en 1839 por Caignard de la Tour
(1777-1859), pero que las fermentaciones anormales se caracterizan por contener
diversos organismos, a los que llamó vibrios, por vibrar continuamente en el
campo de visión del microscopio. Pero Pasteur se había ocupado ya de la
actividad química de los seres vivos en la producción de "moléculas
asimétricas". Sus experimentos con mohos le habían convencido de que los
procesos de la fermentación se deben a los organismos vivos y no a inertes
reacciones químicas. En tanto que químico, no se limitó a estudiar la
apariencia de los microorganismos, sino que observó también su comportamiento
químico. Determinó cuáles de ellos pueden vivir en el aire y cuáles no, y como
consecuencia de esto estableció algunos procedimientos ingeniosos y prácticos,
incluido el que hoy conocemos como pasteurización, para evitar que se
interfirieran en la producción de a cerveza o el vinagre.
Estos conocimientos acerca de los organismos vivos y su
papel en la fermentación fueron los que incitaron a Pasteur. a formular su
vigorosa negativa a la posibilidad de una generación espontánea e a vida que le
condujo a su famosa discusión con Pouchet (1800-72).